今回は地図に位置情報を示すグリッド線等がなく，地形上の特徴点（岬など）や道路交差点などをコントロールポイントとして利用する方法を練習する。この場合，位置情報が設定されたGISデータが必要となる
【 例題 】
レジスタ処理データ：地質図
参照データ：海岸線ベクトルデータ
日本直角座標系１５系JGD2000
（１）データソース準備
レジスタ処理を行うデータの座標系は参照データと同じ座標系としなければならない。従って参照データを含むデータソース内に地質図ラスターをインポートするか，参照データと同じ座標系の新規データソースを作成し地質図ラスターをインポートする。今回は練習のため
新規データソースmap_jgd15作成から開始する。
座標系の設定方法はレジスタ処理２と同様に行い。サブカテゴリの選択を下図のように行う。
（２）地形図画像 4701G.tifデータソースmap_jgd15にインポート。
ラスターインポート処理はレジスタ処理１と同様の操作となる。
データソースmap_jgd15にインポートされたデータセットはT4701Gとなる。この段階では位置情報は付加されていない。
（３）参照用データーソースの準備
レジスタ処理で位置情報を取得するためのデータソースを準備する。今回は沖縄島の海岸線を利用するため，データソースmap25k2_vecを開く。
（４）レジスタ処理（ジオリファレンス処理）のパラメータ設定
正規化されていない画像をレジスタ処理する場合，コントロールポイント４点による一次近似（アファイン変換）レジスタ処理を行う必要がある。
（５）レジスタレイヤー＆参照レイヤーの設定
レジスタレイヤーにデータソースmap_jgd15のデータセットT4701Gを設定。さらに参照レイヤーにデータソースmap25k2_vecのデータセット沖縄Rを設定する。
（６）レジスタ処理バー内の各アイコンを利用してビューを調整。さらにコントロールポイント設定アイコンにより，レジスタレイヤー内と参照レイヤーの同じ地点をそれぞれクリックし，コントロールポイント設定。同様の操作を４地点で行う。
（７）処理終了後，レジスタ処理結果確認
今回は参照データとしてベクトルデータを利用したが，参照データはレジスタ処理済みのラスターデータでも可能である。